Instituuttia ylläpitää Suomen Harmonikkainstituutin Kannatusyhdistys ry, joka on perustettu Ikaalisissa v. 1980. Kannatusyhdistyksen kautta yksityishenkilöt, järjestöt, yritykset ja muut yhteisöt voivat tukea instituutin toimintaa liittymällä jäseneksi tai tekemällä lahjoituksia. Instituutti voi vastaanottaa myös testamentteja tai muita omaisuuden luovutuksia.

Kannatusyhdistyksen jäsenmaksu on 15 € vuodessa.